問題可以追溯到公元前五世紀的春秋時代。孔子沒有提到性善或者性惡。他學說中的核心是「仁」。「仁」可以為善，一個君子的生活目的就在合於「仁」的要求。
究竟是哪些成分構成了仁，孔子沒有明確直接的答覆。《論語》一書中，仁字有六十六條，但從來沒有兩處的解釋相同。一般來說，仁與慈愛、溫和、惻隱、以天下為己任等等觀念相通。然而在不同的場合，孔子又賦予仁以不同的概念：「己所不欲，勿施於人」的自我克制，言辭謹慎、按照禮儀行事，都可以算作仁或者接近於仁；出於環境的需要，一個人犧牲自己的生命，也叫做「殺身以成仁」。仁是最容易獲得的品質，任何人有志於仁，就可以得到仁。但是仁也是最難保持的品質，即在聖賢，例如孔子自己，也難能始終不斷地不違反仁。
後世的讀者，必須把這些互不關連的語錄再三誦讀，再三思索，才有可能理解它的真實內涵。綜合來說，溫和有禮，慷慨大方是仁的初級階段。在向更高階段邁進的過程中，又必須把自己的思想與言行統統納入它的規範之內，經過不斷的積累而可以到達去私，最終到達無我。這樣，仁就是一種強迫性的力量、行動的最高準則、超越人世間的品質，也是生活唯一意義之所在，簡直和道家的「道」殊途而同歸。
《論語》中這六十六條有關仁的語錄，為孔子的學說安排了形而上的根據，成為儒家一元論宇宙觀的基礎。這種學說雖然沒有直接指責自私的不合理，但已屬不言而喻。因為所謂「自己」，不過是一種觀念，不能作為一種物質，可以囤積保存。生命的意義，也無非是用來表示對他人的關心。只有做到這一點，它才有永久的價值。這種理想與印度的婆羅門教和佛教的教義相近。
印度的思想家認為「自己」是一種幻影，真正存在於人世間的，只有無數的因果循環。儒家的學說指出，一個人必須不斷地和外界接觸，離開了這接觸，這個人就等於一張白紙。在接觸中間，他可能表現自私，也可能去自私而克臻於仁。按照孔子的看法，一個人雖為聖賢，仍然要經常警惕防範不仁的念頭，可見性惡來自先天。然而另一方面，既然每個人都有其發揚保持仁的本能，則同樣可以認為性善出於天賦。
孔子去世以後約一百五十年，性善說才首次被明確提出。孟子曾經斬釘截鐵地說：「人之性善也，猶水之就下也。人無有不善，水無有不下。」孔孟之間的不同論調，反映了社會環境的變化。孔子的目標，在於期望由像他一樣的哲學家和教育家來代替當時諸侯小國中世襲的卿大夫。孟子卻生活在一個更加動盪的時代裡，其時齊楚之間的王國，採取了全民動員的方式互相爭戰。這種情形不再允許哲學家以悠閒的情調去研究個人生活的舒暢和美。孟子的迫切任務，在於找到一個強者，這個強者應當具有統一全國的條件，並且能接受儒家學說作為這一大業的基礎。他企圖以雄辯的言辭說服他的對象，引導他和他的廷臣回到善良的天性之中，有如引導氾濫的洪水歸於大海，以避免一場殺人盈野的浩劫。
孔孟之道戰勝了諸子百家的理論，從漢朝開始，就成為統治全國的指導思想。時代愈是往前發展，統治者對它的依賴程度也愈大。到十世紀以後，也就是唐宋兩代，中國經歷了一次巨大的變化：經濟的重心，由華北旱田地帶移至華中和華南的水田地帶。隨之產生的顯著後果，則是內部的複雜性相繼增加。官僚階層過去為豪門大族所壟斷，至此改變而為與紳士階層相表裡。軍隊中的將領逐漸失去了左右政治的力量，文官政治確立為統治帝國的原則。這種多方的改變，使集權的中央政府不得不創立新的哲學理論，以維繫社會上成千成萬的優秀分子，即讀書的士人。這些士人就是紳士階層，和以前的門閥士族比較，人數多，流動性大，生活面和知識面也遠為廣闊。以此，儒家單獨的倫理性格已經不能完全適應時代的需要，而必須摻和理智上的新因素，才能適應於新的環境。
針對這種需要，很多學者不斷把孔孟的著述加以新的註釋，而把這些註釋綜合調和以構成一種思想系統的，則是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以後儒家學派中最有影響的思想家，死後被尊為賢人。他對儒家經典的論述具有權威性，他的《四書集注》是明朝、清朝兩代士人規定的教科書，也是科舉考試的標準答案。他的治學方法被稱為「理智化」、「客觀」、「歸納法」，有時甚至被認為有「科學」的根據。
朱熹對過去的歷史和哲學著作熟讀深思，進行整理。他的結論是，歷史上各個朝代的盛衰興亡，以及宇宙中的各種自然現象，都有共通的原則，而且彼此印證。其學說的基礎，乃是宇宙和人間的各種事物都由「氣」構成，通過「理」的不同形式而成為不同的「物」。這所謂「物」，包括具體的事物如日月星辰，也包括抽象的倫理如孝悌忠信。這種把具體和抽象混為一談的方法，是中國思想家的傳統習慣，也合於他們一元論的宇宙觀。因為他們認為，一個人看到一件事物，這種事物就不是孤立的，不可能與環境隔離。他們著重於事物的功能，一件事物具有特性，就是因為它和其他事物發生了關係。白色的東西有白色的特質，是因為有光線的反射，見於人眼。這也就是說，凡「物」皆有動作，光線的反射見於人眼是一種動作，為人忠孝也是一種動作。運用這樣的觀點，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因為兩者都是「鬱積之氣」企圖發散。
孔子的仁，孟子的性善論，乃至中國社會傳統的組織和習慣，都被朱熹視為「天理」。但是人可能違反天理，因為各人秉氣不同，有清有濁。如果濁氣抬頭，天理就被「人欲」所取代。補救的辦法是「格物」，也就是接觸事物和觀察、研究事物。他說：「所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而窮其理也。蓋人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。」通過格物，可以使人發現天理。
事實上，朱熹所使用的方法並不是歸納法，也很難說得上科學性。用類比以說明主題，是戰國時代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其實人性與水性並沒有聯繫，所謂相似，不過是存在於孟子的主觀之中。朱熹的格物，在方法上也與之相同。在很多場合之下，他假借現實的形態以描寫一種抽象的觀念。他認為一草一木都包涵了「理」，因此他所格的「物」包括自然界。在他看來，傳統的社會習慣，乃是人的天賦性格。但是他在作出結論時，卻總是用自然界之「理」去支持孔孟倫理之「理」。這也就是以類似之處代替邏輯。
對朱熹的思想系統，可以從不同的角度批判。其中重要的一個方面是，假如人之愚頑不肖，如他所說在於氣濁，則這種生理性的缺點就應當採取機械性的方式補救，例如著眼於遺傳，或者如道家的注重吐納。然而朱熹反對這樣的辦法。他認為這些氣濁的人應該接受教育，經過不斷的努力，才可能接近真理。這樣一來，朱熹之一個全體的、有組織的宇宙，已成問題，即倫理之理有別於物理之理。
大凡高度的概括，總帶有想像的成分。尤其是在現代科學尚未發達的時代，哲學家不可能說明宇宙就是這樣，而只能假定宇宙就是這樣。在這一點上，朱熹和其他哲學家並無區別。既然如此，他所使用的方法就是一種浪費。他的格物，要求別人接觸植物、地質、歷史和地理等各個學科，但目的不在這些學科的本身上追求真理。因為對任何問題，他的結論已作出於觀察之先，而且作出這些結論的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人們就不能不產生疑問：這種博學多聞是否有確切的需要，也就是說，朱熹的成就，是否能和他付出的精力相當？
朱熹治學的方法可謂「支離」。避免這樣支離，另有捷徑。此即以每一個人自己的心理，作為結構宇宙的工具，而所謂心理，即包括視覺和聽覺，也包括直覺和靈感。宇宙的自然法則和社會的倫理道德合為一體，很難獲得實證，但在心理上卻可以不言自明。宇宙的偉大與完美，無須有賴分析，就可以在個人的心理上引起合群為善的精神，從而自然而然地領悟到社會道德的真諦。其最高境界，可以使人擺脫日常生活的憂慮，心靈上達到澄澈超然。持這種看法的人，常說「將發未發之際」也就是雜念冰消、情緒寧靜之際，此時視覺、聽覺、觸覺還沒有全部開動，而是憑個人的直覺可以領會到宇宙間一種無可形容的美感。
以這種方法治學是為「心學」，和朱熹的「理學」相對。心學派反對理學派累贅的格物致知，提倡直接追求心理的「自然自在」；理學派則認為心學派也大有可以非議之處：宇宙的真實性如果存在於人的心中，任何人都可以由於心的開閉而承認或者拒絕這一真實性。這樣，世間的真理就失去了客觀的價值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的「道」、釋家的「無」很難再有區別。一個人可以用參禪的方式尋求頓悟，頓悟之後，所獲得澄澈超然的樂趣僅止於一身，而對社會的道德倫理則不再負有責任。耿定理的終身不仕就是一例。再則，儒家的經典一貫是士大夫行動的標準和議論的根據，而心學一經風行，各人以直覺為主宰，全部經典就可以棄置不顧。李贄全憑個人的直覺和見解解釋經典又是一例。如果知識分子放棄了正統的儒家觀念，則王朝的安全會立即受到威脅。